The Water Horse tager fat om den kendte og elskede myte om uhyret i Loch Ness-søen. Under Anden Verdenskrig, hvor der var mangel på alt andet end fantasi, finder den ensomme og stille dreng Angus MacMorrow en mystisk sten på stranden. Han tager den med hjem, og det viser sig at være et æg, som bliver udruget lige der i Angus’ fars værksted. Det lille væsen er en ”Water Horse”, som ellers kun findes i skotske legender. Angus kalder det mytiske søvæsen for Crusoe, og de knytter sig til tæt til hinanden. Men det er ikke nemt at holde styr på et nysgerrigt og sultent søuhyre.
Angus lider under savnet af sin far, som er væk i krigens tjeneste, og det bliver ikke bedre af, at krigen pludselig kommer tæt på, idet Kaptajn Hamilton rykker ind i huset med sine mænd. Han påstår, at krigen vil komme til Skotlands kyster, og derfor er det nødvendigt at sætte kanoner op ved Loch Ness. Imens kæmper Angus for at holde Crusoe hemmelig, både for soldaterne og sin mor, som bekymrer sig meget for den ellers stille Angus. Crusoe vokser på rekordfart, og Angus bliver nødt til at sætte ham ud i søen, men det er en farlig verden for magiske væsner, og snart jages Crusoe af onde mennesker, som vil ham til livs.
Venskabet med Crusoe bliver en voldsom oplevelse for drengen Angus, som må vokse med opgaven for at beskytte hemmeligheden - en hemmelighed, der føder legenden om Loch Ness-uhyret.
