Den tidligere fængselsø Alcatraz (The Rock) besættes af elitesoldater, som ledes af oberst Francis X Hummel (Ed Harris). Med turister som gidsler truer de med at tilintetgøre San Francisco, med raketter ladet med biologiske krigsvåben. Manden som kan redde byens indbyggere fra den sikre død er John Patrick Mason (Sean Connery) - den eneste fange som er flygtet fra Alcatraz og overlevet. Han får dog hjælp af Stanley Goodspeed (Nicolas Cage) - en begavet men lidt forvirret FBI-agent. Kan myndighederne nå at stoppe Hummel og hans mænd? Vil Mason lede modangrebet samme vej ind i fængslet, som det engang lykkedes ham at flygte ud fra?
